电子商务是指以信息网络技术为手段，以商品交换为中心的商务活动。它在互联网、企业内部网和增值网上进行交易活动和相关服务，实现了商业活动的电子化、网络化和信息化。跨境电商是指不同国境地域的交易主体之间，以电子商务的方式达成交易，并通过跨境物流递送商品、清关、终送达，完成交易的一种国际商业活动。
传统电子商务和跨境电商在关税区交易主体、支付体系、物流运输时间和成本等方面存在差异。首先，在关税区交易主体方面，跨境电商面临着复杂多变的海关手续和贸易政策，如进出口关税、报关、检验检疫等。其次，在支付体系方面，国内传统电子商务支付结算系统成熟，主要采用网上银行支付和支付宝、微信等三方支付方式，方便快捷，成本低，周期短。而跨境电商的支付体系相对不成熟，尤其是B2B大型贸易支付，存在汇率风险，还款周期可长达1-6个月。此外，物流运输时间和成本方面，传统国内电子商务运输快，因为我国物流系统得到了高度发展。而跨境电商的物流成本高，服务水平低，有的时限往往超过15-30天，物流成本高于货物本身的价值，且国际快递的损失也很常见。
此外，跨境电商与传统电商还有地域范围、业务模式和起步时间等方面的不同。地域范围上，电子商务范围更广，可分为区域化电子商务、远程国内电子商务和全球电子商务，而跨境电商的交易涵盖范围相对较小。业务模式上，电子商务有多种模式，如B2B、B2C、C2C等，而跨境电商主要以B2B和B2C的贸易模式为主。起步时间上，电子商务起步时间较早，而跨境电商起步时间较晚，随着经济全球化和电子网络技术的发展，跨境电商逐渐形成。
总结来说，跨境电商是传统电子商务的一种特殊形式，其在关税区交易主体、支付体系、物流运输时间和成本等方面与传统电商存在差异。跨境电商的发展受到海关手续、汇率风险、物流服务等因素的影响，但随着技术的进步和政策的支持，跨境电商有着巨大的发展潜力，对于推动国际贸易和经济发展具有重要意义。